组织系统是游戏社交与资源获取的核心模块，其功能涵盖团队协作、战力提升、稀有资源兑换及限时活动参与。组织由首领、高层、精英及普通成员构成，权限与职责逐级划分，首领拥有最高管理权，包括开启叛忍活动、分配礼包及任命职位。加入组织后，玩家可通过每日祈福获取密令，消耗2000铜币或20金币分别进行焚香祈福或纳贡祈福，前者获得1个密令，后者获得2个密令，密令数量直接影响迎击叛忍等团体活动的开启条件。
组织商店是性价比极高的资源兑换渠道，玩家可用组织功勋兑换鸣人、阿斯玛等忍者碎片及声望、轮回石等材料。组织功勋主要通过迎击叛忍、晓组织追击等活动积累，其中迎击叛忍需由首领或高层消耗30个密令开启，成员通过输出伤害获取积分，积分越高则个人与组织排名奖励越丰厚。高级叛忍挑战效率更高，推荐优先选择地图右侧目标以节省时间。每周六开启的要塞争夺战是获取S级忍者纲手和仙人模式自来也碎片的核心途径，需组织成员集中战力攻占目标要塞。
限时活动如天地战场和跨服要塞战对组织协同能力要求较高。天地战场每周三晚9点开启，分为天之战场与地之战场，每个战场限15人参与，需提前分配战力策略；跨服要塞战则需沟通集火目标，获胜后可兑换稀有忍者碎片。组织祈愿功能允许成员申请忍者碎片捐赠，但每周仅能祈愿一次，需合理规划需求。
长期活跃于高排名组织能显著加速资源积累。第一组织通常能快速完成晓组织追击，每周获取约2万功勋及大量强化石；叛忍活动奖励包含功勋、铜币及神器强化材料；组织红包每日提供少量金币，积少成多。跨服争霸赛等大型活动前十名组织可额外获得S忍碎片，如三代目土影大野木。选择管理规范、活跃度高的组织至关重要。
